Следствием двойного подчинения является неизбежность создания специального аппарата в Правительстве и Администрации Президента, разного рода консультативных советов и комиссий, дублирующих друг друга. В результате появляются дополнительные "координаторы", а система управления еще более усложняется. Так, согласно Указу Президента "Об Администрации Президента Российской Федерации" от 28 июля 1995 г. N 773 в состав Администрации Президента наряду с подразделениями и органами, обеспечивающими деятельность главы государства, могут входить государственные органы, руководство которыми осуществляется непосредственно Президентом. Причем руководитель Администрации осуществляет не только оперативное руководство подразделениями и органами, обеспечивающими деятельность Президента, но и координацию деятельности государственных органов, входящих в состав Администрации, если иное не установлено Президентом.

Таким образом, независимость Правительства допустима в тех пределах и до тех пор, пока его курс отвечает интересам Президента, определяемым им направлениям внутренней и внешней политики. При возникновении разногласий между первыми лицами о путях и способах достижения целей последнее и решающее слово остается за Президентом. Он может принять решение об отставке Правительства, отменить тот или иной правительственный акт (ст. 115 Конституции), наконец, издать указ по вопросу, отнесенному к ведению федерального Правительства.

На практике и после принятия новой Конституции Президент неоднократно издавал указы по вопросам, отнесенным к ведению Правительства, в частности об управлении федеральной собственностью, индексации вкладов, повышении минимального размера оплаты труда, введении различных социальных выплат и льгот. Оценка таких актов Президента с точки зрения конституционных полномочий и прерогатив различных органов власти - предмет специального рассмотрения. Заметим только, что для эффективного управления страной и исключения коллизий в законодательстве проблема разграничения компетенции Президента и Правительства в сфере исполнительной власти является достаточно актуальной.

Отношения Федерального Собрания с Правительством строятся по трем основным направлениям, где они тесно взаимодействуют. Прежде всего они реализуются через принимаемые парламентом законы, которые Правительство как исполнительная власть должно исполнять и проводить в жизнь. Другое направление проходит в согласовании их интересов при утверждении федерального бюджета. Для парламента это активный рычаг воздействия на Правительство, он обеспечивает возможность финансового контроля за деятельностью Правительства.