Центральные органы исполнительной власти Российской Федерации не вправе вмешиваться в оперативную деятельность органов исполнительной власти субъектов Федерации по предметам их исключительных полномочий.

В сфере совместного ведения Федерации и ее субъектов, а также при осуществлении делегированных полномочий главы органов исполнительной власти республик и других субъектов Федерации вправе вносить предложения по вопросам деятельности указанных органов на рассмотрение федерального Правительства. При принятии решений по предметам совместного ведения и по вопросам, затрагивающим интересы субъектов Федерации, должны приниматься согласованные меры, а проекты правительственных актов направляться исполнительным органам субъектов Федерации на предварительное заключение.

На необходимость согласования федеральных правовых нормативных актов с субъектами Федерации обращалось внимание в президентском Послании Федеральному Собранию 1995 г. и Указе Президента Российской Федерации "О мерах по обеспечению взаимодействия федеральных органов государственной власти и органов государственной власти субъектов Российской Федерации при проведении конституционно - правовой реформы в субъектах Российской Федерации" от 5 октября 1995 г. Этим Указом субъектам Федерации предложено воздержаться от принятия нормативных правовых актов, устанавливающих принципы организации и систему органов государственной власти до издания федерального закона об общих принципах организации представительных и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации.

Контроль за осуществлением полномочий в сфере исключительного ведения Российской Федерации, совместного ведения Федерации и ее субъектов, равно как и полномочий, делегированных субъектам Федерации федеральными органами исполнительной власти, осуществляется Президентом и Председателем Правительства России.

Взаимодействие органов государственной власти Федерации и ее субъектов невозможно без своевременного информирования Администрации Президента о нормативных правовых актах, принимаемых в субъектах Федерации.

Президент вправе отменять акты Правительства в случае их противоречия Конституции, федеральным конституционным законам, федеральным законам и указам Президента.

Вне пределов ведения и полномочий Российской Федерации по предметам совместного ведения Федерации и ее субъектов главы органов исполнительной власти всех уровней действуют самостоятельно. Споры и конфликты с федеральными органами государственной власти разрешаются с использованием согласительных процедур, путем создания паритетных комиссий или в судебном порядке.