Исключив верховенство одной власти над другой, Конституция кардинально изменила взаимоотношения органов законодательной и исполнительной власти, а также сам механизм контроля и подотчетности Правительства. Закрепив самостоятельность каждой из ветвей власти, Конституция вывела Правительство из своеобразного двойного подчинения. В то же время конституционный выбор, сделанный в ходе референдума 12 декабря 1993 г. в пользу сильных прерогатив Президента в государственном руководстве, не оставляет исполнительную власть бесконтрольной в ее самостоятельности.

Многие полномочия Президента непосредственно касаются деятельности Правительства и органов исполнительной власти субъектов Федерации. Хотя Президент не глава исполнительной власти (как это было записано в ст. 121 предшествующей Конституции), он сохраняет мощные рычаги воздействия на Правительство путем персональных назначений членов Правительства и принятия необходимых решений, в том числе в сфере исполнительной власти.

Очевидно и другое. Конституция закрепила ряд функций непосредственного государственного управления одновременно за Президентом и Правительством. На практике это привело к появлению множества правовых коллизий и управленческих тупиков, требующих законодательного разрешения. Неясно, к примеру, какая мера ответственности лежит на Правительстве по "политическому" и "силовому" блокам министерств и ведомств, находящимся в прямом подчинении Президента. Если Президент осуществляет эти функции непосредственно через министерства (МИД, МВД, Минобороны и др.), минуя Правительство, это неизбежно отрицательно скажется на реализации Правительством своих конституционных правомочий и обязанностей (п. "д", "е" ст. 114).

В организации федеральной исполнительной власти пока отсутствует четкое "разделение труда" между Президентом и Правительством. В руках главы государства сосредоточено политическое руководство - определение основных направлений внутренней и внешней политики, утверждение военной доктрины, руководство внешней политикой. В то же время проведение мер по обеспечению обороны страны, государственной безопасности, реализации внешней политики Конституция возлагает на Правительство (ст. 114). Ряд министерств и ведомств, выполняющих упомянутые функции, находятся одновременно в ведении Президента и Правительства. Институт двойного подчинения отдельных органов управления, как показала практика, не всегда эффективен. Подобные ведомства обычно ориентируются в своей деятельности на более сильного "хозяина", а другой выполняет, как правило, минимальные функции по руководству таким подведомственным органом.