Закон определил широкий спектр прав религиозных объединений, как имеющих многовековую историю (например, Русской православной церкви), так и создаваемых в настоящее время. Статья 17 определяет религиозное объединение как добровольное объединение совершеннолетних граждан, образованное с целью совместного осуществления их права на свободу вероисповеданий, в том числе для совместного исповедания и распространения веры. В статье дано понятие исповедания веры как совершение культа, распространение своих убеждений в обществе непосредственно или через средства массовой информации, миссионерскую деятельность, дела милосердия и благотворительности, религиозное обучение и воспитание, подвижническую деятельность (монастыри, скиты и проч.), паломничество и иную деятельность, определяемую соответствующими вероучениями и предусмотренную уставом (положением) данного объединения. В ст. 9 Закона признано право на преподавание вероучений и религиозное воспитание, которые могут осуществляться в негосударственных учебных и воспитательных заведениях, частным образом на дому или при религиозном объединении, а также по желанию граждан представителями религиозных объединений с зарегистрированным уставом в любых дошкольных и учебных заведениях и организациях.

Закон также подробно регламентировал порядок образования религиозных организаций, подтвердил их права в области совершения религиозных обрядов и церемоний, производства, приобретения, распространения религиозной литературы и предметов религиозного назначения, благотворительной деятельности, международных связей и контактов. Регламентирован порядок регистрации устава религиозных организаций, их деятельности в системе общественных отношений, прекращения их деятельности.

В Законе (ст. 5, 6) подробно конкретизированы гарантии свободы вероисповедания, среди них - равноправие верующих и созданных ими организаций, религиозных объединений, запрет на указание в официальных документах отношения гражданина к религии, тайна исповеди.