Правительство Российской Федерации осуществляет исполнительную власть: организует исполнение законов, различными способами влияет на законодательный процесс (право законодательной инициативы, обязательность заключения Правительства на законопроекты, требующие привлечения дополнительных федеральных средств). Возможность выражения недоверия Правительству сбалансирована возможностью роспуска законодательного органа главой государства.

Конституционный, Верховный и Высший Арбитражный Суды Российской Федерации имеют право законодательной инициативы по вопросам их ведения (ст. 104 Конституции). Эти суды в пределах своей компетенции рассматривают конкретные дела, сторонами которых являются другие федеральные органы государственной власти. В системе разделения властей на федеральном уровне особое место принадлежит Конституционному Суду Российской Федерации. Это проявляется в следующих полномочиях, закрепленных за ним Конституцией: разрешение дел о соответствии Конституции федеральных законов, нормативных актов Президента, палат Федерального Собрания и Правительства Российской Федерации, разрешение споров о компетенции между федеральными органами государственной власти, толкование Конституции (ст. 125).

Являясь главой государства, Президент Российской Федерации не относится ни к одной из трех ветвей власти. Выполняя задачи, возложенные на него Конституцией, Президент Российской Федерации обеспечивает необходимое согласование деятельности различных ветвей власти - законодательной, исполнительной и судебной, позволяющее бесперебойно действовать всему государственному механизму.

Существует мнение, что реализация принципа разделения властей ведет к многовластию. Это суждение ошибочно. Власть в Российской Федерации едина, так как ее единственным источником, согласно ст. 3 Конституции, является многонациональный народ Российской Федерации. Никакой государственный орган в отдельности не может претендовать на суверенное осуществление государственной власти.