Непосредственно слушать Анаксимена Анаксагор, конечно, не мог, даже будучи мальчиком: последний великий представитель милетской школы умер, по-видимому, еще до рождения Анаксагора, но его идеи оказали влияние на молодого клазоменца.

Прежде всего это касается учения о происхождении и структуре космоса, рассматриваемого как нечто целое. Об Анаксагоре рассказывают, что в молодости он любил наблюдать за небесными явлениями с вершины мыса Миманта, находившегося по соседству с Клазоменами. Можно предполагать, что это не были точные астрономические наблюдения за восходом и заходом светил, движениями планет и т. д. Астрономом в строгом смысле слова Анаксагор никогда не был, и его астрономические познания даже в поздний период его деятельности оставались весьма примитивными. В этом отношении Анаксагор уступал современным ему пифагорейцам, не говоря уже о вавилонских астрономах, владевших совершенной методикой астрономических наблюдений. Отношение Анаксагора к ночному небесному своду имело, скорее, эстетический характер.

Согласно преданию, когда Анаксагора спросили, ради чего лучше родиться, чем не родиться, он ответил: «Чтобы созерцать небо и устройство всего космоса». Космос поражал Анаксагора совершенной разумной организацией, которая, как ему представлялось, не могла быть результатом действия слепых, беспорядочных сил.

Анаксагор, как и предшествующие ему древнегреческие философы, ставил вопрос о том, что есть основа мира. В отличие от своих предшественников эту основу мира он видел в маленьких материальных частицах — семенах вещей, которые он называл гомеомериями. Согласно Анаксагору, мир вечен, он несотворим и неуничтожим. Отдельные вещи состоят из отдельных семян. Характер вещи, ее свойства зависят от преобладания того или иного типа семян. Так, в кости имеются различные семена, но преобладают косточки, в мясе также имеются всевозможные семена, но больше всего кусочков мяса. Остальные семена, которые присутствуют в отдельной вещи, просто не наблюдаемы. Возникают все вещества из «подобочастных» частиц-семян, что выражается в двух постулатах: «все во всем», «из всего — все».