Вторая жена Перикла, знаменитая Аспасия, женщина умная и образованная, сформировала кружок выдающихся представителей тогдашней афинской интеллигенции, включавший трагика Еврипида, скульптора Фидия и др. К этому кружку принадлежал и Анаксагор, оказавший, в частности, большое влияние на Еврипида, о чем свидетельствует ряд фрагментов из произведений знаменитого трагика, содержащих несомненные отзвуки воззрений Анаксагора.

К концу 30-х годов V века до н. э., когда положение Перикла в качестве главы государства стало менее прочным, его политические противники возбудили судебные преследования лиц, которые были к нему близки, в том числе Фидия, Аспасии и Анаксагора. Обвинительные формулировки в каждом случае были различны, но политическая подоплека этих дел была ясна все они были направлены на подрыв авторитета Перикла, еще пользовавшегося большой популярностью среди афинского населения. Анаксагор обвиняется в безбожии и в распространении учений о небесных светилах, противоречивших традиционным религиозным представлениям. Философу грозит смертный приговор, при содействии Перикла он тайно покидает Афины.

Последние годы Анаксагор проводит в Лампсаке — богатом торговом городе на берегу Геллеспонта. Умер он в 428 году до н. э… окруженный почетом и уважением лампсакских граждан. В течение длительного времени после смерти философа лампсакцы устраивали в его память ежегодные детские празднества.

Такова внешняя канва жизни Анаксагора. Труднее сказать что-либо о его научной биографии, в частности об эволюции его философских воззрений. Интерес к науке, как уже было сказано, пробудился у него еще в ранней молодости. Живя в Клазоменах, расположенных недалеко от Милета, Анаксагор мог без труда разыскать и прочесть сочинения знаменитых милетцев — Анаксимандра и Анаксимена, оказавшие, судя по всему, громадное влияние на формирование его собственного мировоззрения. Не случайно позднейшие доксографы называют Анаксагора учеником Анаксимена.