В Египте благодаря покровительству Пифагор познакомился с мемфисскими жрецами. Ему удалось проникнуть в «святая святых» — египетские храмы, куда чужестранцы не допускались. Для этого Пифагор прошел посвящение в сан жреца. Изучив язык и выдержав все искусы на пути к познанию, Пифагор стал равноправным членом касты жрецов. Пребывание в Египте способствовало тому, что он сделался одним из самых образованных людей своего времени.

После смерти фараона Амазиса его преемник отказался выплачивать ежегодную дань Камбизу, персидскому царю, что послужило поводом для войны. Персы не пощадили даже священные храмы. Подверглись гонениям и жрецы их убивали или брали в плен. Так попал в персидский плен и Пифагор. Согласно легендам, в плену в Вавилоне Пифагор встречался с персидскими магами, познакомился с учениями халдейских мудрецов, со знаниями, накопленными восточными народами в течение многих веков астрономией и астрологией, медициной и арифметикой. Эти науки у халдеев в значительной степени опирались на представления о магических и сверхъестественных силах, они придали определенное мистическое звучание философии и математике Пифагора.

Пифагора освободил персидский царь Дарий Гистасп, прослышавший о знаменитом греке. Мыслитель возвратился на родину, чтобы приобщить к накопленным знаниям свой народ.

С тех пор как Пифагор покинул Грецию, там произошли большие изменения. Один из культурнейших центров, Самос в результате войны с персами превратился в отсталую провинцию. Свобода, а вместе с ней искусство и культура покинули Ионию. Лучшие умы, спасаясь от персидского ига, перебрались в Южную Италию, которую тогда называли Великой Грецией, и основали там города-колонии Сиракузы, Агригент, Кротон.