Конституция обеспечивает Правительству Российской Федерации большую самостоятельность в осуществлении своих полномочий при формировании системы центральных органов федеральной исполнительной власти и состава Правительства Российской Федерации. Инициатива при решении этого вопроса должна исходить от главы Правительства.

Председатель Правительства не позднее недельного срока после его назначения представляет Президенту предложения о структуре федеральных органов исполнительной власти, что имеет прямое отношение к последующему формированию состава Правительства.

Под структурой федеральных органов исполнительной власти в ст. 112 понимается перечень центральных органов федеральной исполнительной власти (центральных органов управления), подведомственных Правительству Российской Федерации.

Прежнее законодательство определяло более детально состав Правительства, а также виды центральных органов управления и критерии их разграничения. Так, министерства являлись центральными органами преимущественно отраслевого управления, а государственные комитеты - центральными органами, осуществляющими межотраслевое управление.

Конституции России регламентировали порядок образования и правовое положение так называемых ведомств - комитетов, главных управлений, управлений и других органов при Совете Министров, - которые могло образовывать само Правительство России. Указанные ведомства отличались от министерств и государственных комитетов не только порядком образования, но и тем, что их руководители не входили автоматически по должности в состав Правительства. Они могли войти в его состав по специальному представлению Председателя Правительства России.

Указ Президента России от 30 сентября 1992 г. "О системе центральных органов федеральной исполнительной власти" установил новый вид ведомств - федеральные службы, российские агентства, федеральные инспекции, федеральные надзоры, которые отнесены к центральным органам. Они образуются указами Президента так же, как министерства, но руководители их не входят в состав Правительства.

Указ Президента Российской Федерации от 10 января 1994 г. N 66 "О структуре федеральных органов исполнительной власти" включил в структуру федеральных органов исполнительной власти Правительство Российской Федерации и "федеральные органы исполнительной власти", подразделив последние на две группы: 1) федеральные министерства и 2) иные федеральные органы исполнительной власти. В числе последних названы государственные комитеты, комитеты, государственные службы, департаменты, федеральные службы, главные управления, федеральные агентства, федеральные надзоры, государственная инспекция и другие органы.