В конце 340-х годов до н. э. Аристотель прибыл в новую столицу Македонии — город Пеллу. Воспитанию Александра Аристотель посвятил три года. Трудно сказать, в чем состояла методика воспитания Аристотеля и насколько ему удалось облагородить характер будущего «завоевателя мира», отличавшегося безрассудной смелостью, вспыльчивостью, упрямством и безмерным честолюбием. Но, конечно, Аристотель не стремился сделать из Александра философа и не изводил его геометрией, а нашел главное средство воспитания в поэзии, и особенно в эпосе Гомера. Говорят, что Аристотель специально для своего воспитанника «издал» гомеровскую «Илиаду», благодаря чему тот обрел свой идеал в Ахилле. Впоследствии Александр якобы сказал: «Я чту Аристотеля наравне со своим отцом, так как если отцу я обязан жизнью, то Аристотелю — тем, что дает ей цену». Воспитание Александра закончилось, когда последний стал соправителем Македонии.

Во время восьмилетнего пребывания в Македонии Аристотель главным образом занимался наблюдением природы; это можно приписать отчасти влиянию воспоминаний, отчасти тому, что слишком разнообразная придворная жизнь мешала занятиям, требовавшим большой сосредоточенности и напряжения ума. Филипп, а потом Александр не жалели ничего, чтобы обеспечить Аристотелю возможность заниматься науками. Александр, сам склонный к наукам, подарил Аристотелю солидную сумму денег, более тысячи человек обязаны были доставлять ему редких животных, растений и т. д. Смерть Филиппа застала Аристотеля еще в Македонии, он провел со своим воспитанником первые годы его царствования, но, когда Александр отправился в поход в Азию, Аристотель уехал в Афины, оставив Александру вместо себя племянника своего и ученика, философа Каллисфена. Аристотелю в то время было пятьдесят лет. Некоторые историки утверждают, что Аристотель сопровождал Александра в первых походах в далекие страны, и приводят в подтверждение своих догадок наблюдения Аристотеля за жизнью животных, которых нелегко было перевезти в Македонию. Достоверно известно только, что в начале царствования Александра связывали с его бывшим учителем общие интересы, живой же связью между ними служил философ Каллисфен. Аристотель возвратился на родину — в Стагир, разрушенный Филиппом II в войне против Афин. Там он провел три года (339–336 годы до н. э.). В это время (338 год до н э) произошло решающее для всей Эллады событие — сражение при Херонее (в Беотии), в котором Филипп II нанес поражение соединенному греческому войску и стал властелином всей Эллады. Эпоха классической Греции как совокупности полисов на этом заканчивается. Придя к власти, Александр из уважения к своему учителю восстановил разрушенный Стагир. Признательные соотечественники воздвигли в честь мыслителя великолепное здание, где он мог учить своей философии, окруженный любовью и почетом, но Аристотель решил вернуться в Афины.