Сократ оказался замешанным в трагической истории, произошедшей с афинскими стратегами в 406 году до н. э., после сражения при Аргинузских островах. Афинский флот во главе с десятью стратегами одержал блестящую победу над пелопоннесцами. Однако афиняне не успели из-за поднявшейся бури похоронить своих погибших воинов. Боясь кары, на родину вернулись только шесть стратегов, остальные бежали. Вернувшиеся были сначала награждены за победу, а затем их обвинили в нарушении отечественных религиозных обычаев. Власти так спешили расправиться со стратегами, желая устрашить граждан, что потребовали решить их судьбу в один день и голосовать сразу единым списком, а не обсуждать дело каждого в отдельности. Сократ же как раз в 406 году до н. э. был избран членом афинского Совета Пятисот, членом которого мог быть каждый гражданин, достигший тридцати лет. Сократ вошел в Совет от своего родного дема Алопеки. В самый день суда он явился эпистатом, то есть главою всего Совета на данный день. Сократ резко воспротивился незаконному поспешному суду без всякого разбирательства. Ксенофонт, современник событий, в своей «Греческой истории» и поздний историк Диодор подробно рассказывают об этом тягостном деле. Чтобы обойти упорство Сократа, решили отложить постановление суда на следующий день, когда Совет возглавил уже другой эпистат. Стратеги были признаны виновными и казнены. Сам же Сократ едва избежал преследований правящей партии.

Поступок Сократа не остался без внимания Платон в одном из своих первых произведений — «Апологии Сократа» — рассказал об этой истории, вложив ее в уста самого Сократа. В 404 году до н. э. Критий, некогда слушатель Сократа, переметнувшийся к софистам, сам блестящий софист и остроумный поэт, возглавил государственный переворот. Афинская олигархия, совершившая переворот, получила название власти Тридцати тиранов. Эти Тридцать — верхушка заговорщиков — правили Афинами немногим более года, расправляясь с непокорными — изгнаниями и казнями.